Évolution de la base de données spécifique des mutations du gène OPA1 vers un système global pour améliorer la découverte de corrélations génotype-phénotype de l’atrophie optique dominante

TitreÉvolution de la base de données spécifique des mutations du gène OPA1 vers un système global pour améliorer la découverte de corrélations génotype-phénotype de l’atrophie optique dominante
TypeThèse d'exercice : Médecine
AuteursLe Roux Bastien
DirecteursLenaers Guy
Année2018
URLhttps://dune.univ-angers.fr/fichiers/20126731/2018MDEOP9724/fichier/9724F.pdf
Mots-clésAtrophie optic dominant-1 (OPA1), Base de données LOVD, Base de données spécifique au locus : LSDB
Résumé

Les dysfonctionnements de la protéine OPA1, une dynamine GTPase impliquée dans la fusion mitochondriale, sont responsables d'un large spectre de troubles neurologiques ayant en commun une neuropathie optique. La base de données spécifique au locus (LSBD) dédiée à OPA1, publiée pour la première fois en 2005 et mise à jour en 2015, évolue vers le développement d’une base de données centrale plus fiable et plus complète, utilisant la base de données partagée de Leiden Open Source Variation Database. La base de données ainsi mise à jour comprend maintenant 532 patients : 429 avec atrophie optique dominante isolée (AOD), 16 avec AOD « plus » dont 10 avec perte auditive et 83 asymptomatiques ou non classés. Il comprend 410 variants uniques dont plus des deux tiers (264) sont considérés comme pathogènes. Les données cliniques complètes sont disponibles pour 118 patients, codées avec l’Human Phenotype Ontology (HPO) un vocabulaire standard pour décrire les
anomalies phénotypiques. Selon un thésaurus international, les professionnels peuvent désormais soumettre en ligne des descriptions cliniques et moléculaires de phénotypes dus à des mutations OPA1, notamment des données ophtalmologiques et neurologiques détaillées. Cette évolution de la base de données OPA1 (opa1.mitodyn.org/) vers la base de données centrale LOVD, en utilisant une nomenclature commune, permet une interopérabilité entre les données et devrait être utile pour les diagnostics moléculaires basés sur les corrélations phénotype-génotype.
Résumé en anglais

The dysfunctions of OPA1, a dynamin GTPase involved in mitochondrial fusion, are responsible for a large spectrum of neurological disorders, all including optic neuropathy. The locus-specific database dedicated to OPA1, firstly reported in 2005 and updated in 2015, is now evolving towards the development of a more reliable and complete central variome database, using the Leiden Open-source Variation Database shared installation. The updated database now includes 532 patients : 429 with isolated dominant optic atrophy (DOA), 16 with DOA “plus” including 10 harboring hearing loss and 83 asymptomatic or unclassified. It comprises 410 unique variants of which more than two third (264) are considered pathogenic. Full clinical data are available for 118 patients and described, using the reference Human Phenotype Ontology, a standard vocabulary for referencing phenotypic abnormalities. External contributors may now make online submissions of clinical and molecular descriptions of phenotypes related to OPA1 mutations, including detailed ophthalmological and neurological data, according to an international thesaurus. This evolution of the OPA1 database (opa1.mitodyn.org/) towards the LOVD central database, using unified nomenclature, warrants its interoperability with other databases and should prove useful for molecular diagnoses based on gene panel sequencing, large-scale mutation statistics, and genotype-phenotype correlations.
Langue de rédactionFrançais
Nb pages74
Diplôme

Diplôme d'État de docteur en médecine
Date de soutenance2018-09-17
EditeurUniversité Angers
Place PublishedAngers
Libellé UFR

UFR médecine
Numéro national2018ANGE111M