Analyse des variants de structures par le logiciel CovCopCan chez les patients suspects de neuropathies optiques héréditaires
| Titre | Analyse des variants de structures par le logiciel CovCopCan chez les patients suspects de neuropathies optiques héréditaires |
| Type | Thèse d'exercice : Médecine |
| Auteurs | Duband Arthur |
| Directeurs | Gohier Philippe |
| Année | 2024 |
| URL | https://dune.univ-angers.fr/fichiers/92013090/2024MCEM17640/fichier/17640F.pdf |
| Mots-clés | CNV, copy number variation, Neuropathie optique héréditaire |
| Résumé | Introduction : les NOHs sont des affections du nerf optique secondaires à des anomalies génétiques. L’analyse génétique actuelle des patients suspects de NOHs présente un rendement modéré avec un diagnostic positif d’environ 30%, et ceci malgré l’extension du panel génétique recherché. Les CNVs sont des variations du nombre de copie d’un segment d’ADN entre les individus. Leurs présences ne sont pas synonymes de pathologie mais cette variation peut induire dans certains cas des variations phénotypiques. Or ces CNVs ne sont actuellement pas analysés en pratique courante. Le logiciel CovCopCan a été développé pouvoir rechercher rapidement et facilement les CNVs en se basant sur les données issues du séquençage NGS. L’objectif de ce travail sera d’étudier les CNVs via le logiciel CovCopCan chez les patients ayant bénéficié d’une recherche génétique de NOHs. Sujets et Méthodes/Matériels et Méthodes : le logiciel CovCopCan utilise les données brutes complètes issues du séquençage génomique NGS. Les résultats sont comparés aux autres patients issus du même run. 546 patients provenant de 42 runs différents issus des recherches génétiques de NOHs au CHU d’Angers entre janvier 2021 et mars 2022 ont été analysé. Résultats : sur les 546 patients étudiés, 481 avaient un tracé graphique fiable sur l’analyse du logiciel CovCopCan. 65 patients avaient un tracé ininterprétable. sur ces 481 patients, 36 présentaient des CNVs.3 Parmi ces 36 CNVs, après une analyse bibliographique et clinique, 23 patients présentaient des CNVs potentiellement pathogènes (4.21%). 5 gènes différents ont été incriminés chez ces patients (BTD / DNM1L / KIF1A / OPA1 / ZNHIT3). Conclusion : le rôle des CNVs dans la survenue des diverses pathologies a été démontré. Leurs analyses permettraient donc d’augmenter le rendement de l’analyse génétique des NOHs (passant théoriquement à environ 35%). Par ailleurs, le logiciel CovCopCan semble adapter à une utilisation en routine. Le rôle KIF1A a été établi dans la survenue de NOHs. Malgré cela, l’importante fréquence de survenue et la faible dimension des séquences impliquées dans notre étude laissent présager qu’il pourrait s’agir de polymorphismes. Une analyse de l’expression de ce gène serait donc intéressante pour prouver ou non son rôle. |
| Résumé en anglais | Introduction : hereditary optic neuropathies are lesions of the optic nerve due to genetic abnormalities. Current genetical analysis of HON’s suspected patients has a moderate yield with a positive diagnosis of around 30%, despite the extension of the genetic panel. CNVs are variations of the copy number of DNA segments between individuals. Their presences aren’t synonymous of pathology but these variations can in certain cases induce phenotypic variations. However, these CNVs aren’t currently analyzed in current practice. The CovCopCan software was maked to quickly and easily search CNVs and is based on datas from NGS sequencing. Sujets et Méthodes/Matériels et Méthodes : the CovCopCan software uses the complete raw data from NGS sequencing. The results are compared to the other patients from the same run. 546 patients from 42 differents runs from HON genetic research at the Angers University Hospital between January 2021 and March 2022 were analyzed. Résultats : among the 546 patients studied, 481 had a reliable graphical trace on the analysis of the CovCopCan software. 65 patients had an uninterpretable trace. Among these 36 CNVs, after bibliographic and clinical analysis, 23 patients presented potentially pathogenic CNVs (4.21%). 5 different genes have been implicated in these patients (BTD / DNM1L / KIF1A / OPA1 / ZNHIT3). Conclusion : the role of CNVs in the occurrence of various pathologies has been demonstrated. Their analysis could increase the yield of the HON genetic analysis (theoretically increasing to around 35%). Futhermore, the CovCopCan software seems to be suitable for routine use. The role of KIF1A in HON has been demonstrated. However, the high frequency of occurrence and the small size of the sequences involved in our study suggest that they could be polymorphims. An analysis of KIF1A’s expression could be interesting to prouve or not its role. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 81 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en médecine |
| Date de soutenance | 2024-04-18 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR Médecine |
| Numéro national | 2024ANGE025M |