Mise au point de la technique de génotypage de résistance du VIH-1 aux antirétroviraux sur l'ADN proviral au laboratoire de virologie du CHU d'Angers
| Titre | Mise au point de la technique de génotypage de résistance du VIH-1 aux antirétroviraux sur l'ADN proviral au laboratoire de virologie du CHU d'Angers |
| Type | Thèse d'exercice : Pharmacie |
| Auteurs | Poutier Audrey |
| Directeurs | Le Guillou-Guillemette Hélène |
| Année | 2017 |
| URL | http://dune.univ-angers.fr/fichiers/20111985/2017PPHA8407/fichier/8407F.pdf |
| Mots-clés | ADN proviral, génotypage, mutations, Résistances, Séquençage direct, VIH-1 |
| Résumé | L’infection par le VIH touche près de 37 millions de personnes dans le monde. En 2015, 40% d’entre elles avaient accès à la thérapie antirétrovirale. La recherche de mutations de résistance ou test de génotypage de résistance sur ARN du VIH-1 est obligatoire avant l’initiation d’un traitement. Le génotypage sur ADN proviral du VIH-1, pourtant moins sensible est réalisé chez les patients ayant une charge virale indétectable et pour lesquels un changement thérapeutique est envisagé. Notre objectif était de mettre au point cette technique de génotypage au laboratoire de virologie du CHU d’Angers à partir de 18 échantillons de sang total, déjà testés au CHU de Nantes. La détermination des conditions expérimentales et plusieurs ajustements du protocole ont été nécessaires pour comparer nos résultats à ceux de Nantes. Nos différents essais et améliorations ont permis l’amplification de 71 gènes sur 72. Parmi les 90 interprétations, 73 ont pu être comparées entre les deux centres et nous avons une interprétation identique pour 53. Sur les 20 différences, seulement 11 conduisaient à un éventuel impact sur le choix de la stratégie thérapeutique. Ce travail a montré qu’il existe des variabilités inter-laboratoires qui reposent essentiellement sur la qualité du séquençage, la présence de sous-populations virales chez un individu et la sensibilité de la technique. Cette analyse pose les limites de l’usage et de l’interprétation du génotype sur ADN proviral en pratique clinique. Avant son implantation à Angers, la technique devra néanmoins être testée sur l’ARN génomique du VIH-1 pour disposer d’un protocole unique adapté aux deux matrices. Une quantification préalable de l’ADN cellulaire du VIH-1 dans l’échantillon pourra aussi améliorer l’efficacité au laboratoire. |
| Résumé en anglais | HIV infection affects about 37 million people worldwide. In 2015, about 40% of them had access to antiretroviral therapy. Identification of HIV-1 resistance mutations called genotypic resistance test using HIV-1 RNA is recommended before starting a treatment or at failure. Even though genotypic resistance test in HIV-1 proviral DNA is less sensitive, it is use for patients with undetectable plasma viral load who need a switch of antiretroviral therapy. Our aim was to develop this genotypic resistance test in the laboratory of virology at the University Hospital of Angers. We used 18 whole blood samples already tested in the hospital laboratory of Nantes. To compare results from the both laboratories, we tested several experimental conditions to determine an optimal protocol. Thanks to our different assays and improvements 71 genes among 72 were amplified. Among 90 resistance interpretations, 73 were able to be compared between the two laboratories and 53 were similar. Among the other 20 different interpretations, only 11 might influence the future choice of the antiretroviral regimen. This work showed that variabilities between laboratories exist due to the quality of the standard Sanger sequencing, the detection of viral quasispecies in individual blood, and the sensitivity of this test. Our study underlines the limits of using and interpreting HIV-1 proviral DNA genotypes in clinical monitoring. Before being established in Angers, this assay should be adapted for the HIV-1 plasma RNA in order to have one unique experimental protocol suitable for DNA and RNA. A prior quantification of viral cellular DNA in samples could also improve effectiveness of this laboratory method. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 133 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en pharmacie |
| Date de soutenance | 2017-11-14 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR de Sciences Pharmaceutiques et d'Ingénierie de la Santé |
| Numéro national | 2017ANGE033P |