Acidovorax citrulli est une bactérie du xylème responsable de la maladie des taches bactériennes chez les cucurbitacées. Bien qu’elle soit présente sporadiquement sur le territoire européen, elle n’est pas considérée comme une bactérie de quarantaine par l’Union Européenne. Le Laboratoire de la Santé des Végétaux à Angers a reçu des melons symptomatiques en mars 2015 provenant de Guadeloupe : Acidovorax citrulli a été identifiée comme l’agent causal de la maladie. Bien que ce fut la première et unique fois que la bactérie ait été détectée sur le territoire français, le risque d’introduction de la bactérie en France reste probable. Des outils de diagnostic performants doivent donc être évalués et comparés afin d’avoir un protocole de détection prêt en cas de plans de surveillance ou de contrôle organisés par les services du Ministère en charge de l’agriculture, voire en cas d’épidémie. L’objectif de mon stage était d’évaluer des outils de biologie moléculaire issus de la littérature. L’évaluation de PCR conventionnelles et en temps réel pour l’identification a été conduite selon les critères suivants : sensibilité analytique, spécificité et seuil de détection. Elles pourront être utilisées pour l’identification d’A. citrulli issus de végétaux symptomatiques (feuilles, fruits) ou de plantules issues de semis. La performance de deux kits d’extraction d’ADN a été comparée afin de sélectionner le meilleur en termes de seuil de détection dans le cadre d’une détection d’A. citrulli sur semences.
Acidovorax citrulli is a xylem bacteria responsible of bacterial fruit blotch of cucurbits. Although sporadically present on European territory, it is not considered like a quarantine bacteria by the European Union. The Plant Health Laboratory in Angers received symptomatic melons in March 2015 from Guadeloupe: Acidovorax citrulli has been identified as the causal agent of the disease. Even through this was the first and the only time that the bacteria has been detected on French territory, the risk of introduction of this bacterium in France is possible. Efficient diagnostic tools must be evaluated in order to have an available detection protocol in case of survey or control plans established by the Ministry for Agriculture’s services, or in case of epidemic. The purpose of my placement was to evaluate molecular tools found in the literature. Conventional and real time PCR evaluation for the identification of A. citrulli was carried out according to the following criteria: analytic sensibility, specificity and the sensitivity. These techniques will be used for the identification of strain of A. citrulli from symptomatic plants (leaves, fruits) or seedlings coming from grow out. The performance of two DNA extraction kits were compared to selected the best in terms of sensitivity to detect A. citrulli on seeds sample.