Evaluation des méthodes de détection de Spiroplasma citri par amplification génique
| Titre | Evaluation des méthodes de détection de Spiroplasma citri par amplification génique |
| Type | Rapport de stage |
| Auteurs | Plaire Morgane |
| Directeurs | Goven Delphine |
| Année | 2016 |
| URL | http://dune.univ-angers.fr/fichiers/14000486/2016IUTGB6090/fichier/6090F.pdf |
| Mots-clés | amplification génique, caractérisation, PCR, Spiroplasma citri |
| Résumé | Spiroplasma citri est une bactérie du phloème responsable du « stubborn » des agrumes. Elle provoque de nombreux dégâts et une baisse des rendements importante avec des fruits petits et mal formés. Elle fait donc l’objet d’une directive européenne, et tous les végétaux de la famille des rutacées doivent être contrôlés à leur entrée en France pour vérifier qu’ils ne sont pas porteur de ce pathogène. Afin de répondre à ce besoin réglementaire, il est nécessaire de disposer de méthodes fiables et performantes. L’unité BVO et l’unité de quarantaine du laboratoire de la santé des végétaux ont souhaité évaluer les méthodes de détection de cette bactérie. L’objet des travaux présentés dans ce rapport est la caractérisation des méthodes de détection de S. citri par amplification génique. Sur la base d’une étude bibliographique recensant ces méthodes, des méthodes ont été sélectionnées pour être testées. A l’issu des essais préliminaires, quelques méthodes ont été retenues pour être entièrement caractérisées. La caractérisation des méthodes a pu montrer que la méthode « Yokomi et al, 2008» ciblant le gène putatif de l’adhésine P58 est la plus performante. |
| Résumé en anglais | Spiroplasma citri is a bacterium to the plant’s phloem which is associated with the « stubborn » disease. This disease affects citrus. It causes extensive damage and lower yields with smaller fruits. It is the subjects of a European directive and all rutaceae incoming in France must be controlled to check that they are not carry this pathogen. To meet this regulatory requirement, it is necessary to have reliable and efficient methods. The BVO unit and the quarantine unit of the Plant Health Laboratory wished to assess methods of detection of this bacterium. The purpose of the work presented in this report is the characterization of S. citri detection methods by gene amplification. Based on a literature review, methods were selected to be tested. At the end of the preliminary tests, some methods have been selected to be fully characterized. The characterization methods shows that the " Yokomi et al, 2008" method targeting the putative adhesin gene P58 is the most effective. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 28 |
| Diplôme | DUT génie biologique |
| Date de soutenance | 2016-06-30 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Entreprise | Laboratoire de la santé des végétaux |
| Tuteur | Delphine Goven |
| Libellé UFR | Institut Universitaire de Technologie |