Les puces "SNP bead-arrays" révèlent une amplification DDX11 chez les patients atteints d'une leucémie lymphoïde chronique avec trisomie 12
| Titre | Les puces "SNP bead-arrays" révèlent une amplification DDX11 chez les patients atteints d'une leucémie lymphoïde chronique avec trisomie 12 |
| Type | Thèse d'exercice : Médecine |
| Auteurs | Le Guyader Maïlys |
| Directeurs | Godon Alban |
| Année | 2015 |
| URL | http://dune.univ-angers.fr/fichiers/20117233/2015MCEM4588/fichier/4588F.pdf |
| Mots-clés | DDX11, leucémie lymphoïde chronique, SNP, trisomie 12 |
| Résumé | Introduction Par hybridation in situ en fluorescence interphasique (I-FISH), une trisomie 12 est détectée dans ~ 16 % des cas de leucémie lymphoïde chronique (LLC), et est associée à un pronostic intermédiaire. Nous avons évalué par SNP array la prévalence des gains sur le chromosome 12 dans la LLC. Méthodes Un échantillon sanguin de 100 patients avec une LLC au diagnostic a été analysé simultanément i) par I-FISH et HumanOmniExpress BeadChips (Illumina®) (n=60), ii) par différentes sondes FISH : RP11-551L14 (Kreatech Diagnostics) ; et sonde centromérique CEP® 12 SpectrumOrangeTM (Abbott Diagnostics) (n=40, cohorte de validation). Résultats i) la sonde CEP12 a révélé une "trisomie 12" chez 9/60 patients, tous détectés par SNP-arrays, correspondant à : trisomie 12 totale (n=7), isochromosome (12p) (n=1), mosaïcisme (n=1). Les puces "SNP" ont détecté une amplification dans 9 cas supplémentaires indétectables par la sonde CEP12, localisée en 12p11.21 (incluant le gène DDX11). ii) Cohorte de validation : une sonde FISH ciblant la région 12p11.21 a permis la détection de 7 cas avec une amplification, non détectée par la sonde CEP12. La comparaison des groupes avec (n=18) et sans (n=42) anomalies montre qu'une amplification sur le chromosome 12 est significativement corrélée à un temps avant premier traitement (TFT) plus court. Conclusion Au total, 18/60 (30 %) des patients avec un gain sur le chromosome 12 présentent une région minimale amplifiée (locus DDX11), qui pourrait être responsable d’instabilité génomique. Par rapport aux techniques conventionnelles, les puces "SNP" pourraient permettre une meilleure définition des anomalies pronostiques. |
| Résumé en anglais | Background By interphase fluorescence in situ hybridization (I-FISH) studies, trisomy 12 accounts for ~ 16 % of chronic lymphocytic leukemia (CLL) cases, and is associated with an intermediate prognosis. By Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) bead-arrays, we evaluated the prevalence of gains at chromosome 12 in CLL patients. Methods A same primary blood sample from 100 patients with CLL at diagnosis was analysed simultaneously i) by interphase I-FISH and HumanOmniExpress BeadChips (Illumina) (study cohort, n = 60), ii) by I-FISH with different sets of probes (centromeric CEP®12 SpectrumOrangeTM and 12p11.21 probes) (validation cohort, n = 40). Results i) Study cohort: gain of chromosome 12 was ascertained by a centromeric I-FISH probe in 9/60 cases, all of them detected by SNP-arrays, corresponding to trisomy 12 (n=7), isochromosome(12p) (n=1), or mosaicism (n=1). Bead-arrays allowed detection of subtle amplifications in 9 additional cases undetectable by the centromeric probe, located at 12p11.21 (encompassing DDX11). ii) Validation cohort: the 12p11.21 targeted FISH probe allowed detection of gain at chromosome 12 in 7/40 cases, negative with the centromeric I-FISH probe (used as a routine clinical test). The comparison of groups with (n=18) and without (n=42) abnormalities showed that patients with amplifications at chromosome 12 were significatively correlated with a shorter time to first treatment (TFT). Conclusion In our study, ~ 30 % of CLL patients at diagnosis presented gains at chromosome 12, with a minimal amplified region involving DDX11, which could be responsible for genomic instability. SNP-assays should be of great value to define the prognosis of CLL patients with trisomy 12 more accurately. |
| Langue de rédaction | anglais |
| Nb pages | 19 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en médecine |
| Date de soutenance | 2015-09-07 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR Médecine |
| Numéro national | 2015ANGE089M |