Typage moléculaire des souches de Xylophilus ampelinus du CIRM-CFBP
| Titre | Typage moléculaire des souches de Xylophilus ampelinus du CIRM-CFBP |
| Type | Rapport de stage |
| Auteurs | Bertrand Paul-Émile |
| Directeurs | Veronesi Christophe |
| Année | 2015 |
| URL | http://dune.univ-angers.fr/fichiers/20082564/20153MABTV4226/fichier/4226F.pdf |
| Mots-clés | gyrB, MLSA (MultiLocus Sequence Analysis), rpoB, typage moléculaire, Xylophilusampelinus |
| Résumé | Le CIRM-CFBP d’Angers est un Centre de ressources biologiques, spécialisé dans les bactéries associées aux plantes. Il a pour mission de préserver des ressources bactériennes stratégiques pour la protection des végétaux. Le CIRM-CFBP est impliqué dans le projet Lycovitis consistant à aider à l’identification de tous les pathogènes et ravageurs de la tomate et de la vigne. Ce travail s’intègre au projet Lycovitis et consiste en l’acquisition des données moléculaires pour le genre Xylophilus. Xylophilusampelinus est l’agent pathogène responsable de la nécrose bactérienne de la vigne. Cette bactérie se transmet via les outils de taille nécessaires à la conduite agricole de la vigne par l’homme. Cette maladie peut entraîner alors la mort du pied de vigne. Ce travail a nécessité l’identification des 102 souches de Xylophilusconservées par le CIRM-CFBP, via l’utilisation d’une technique dérivée de la MultiLocus Sequence Analysis (MLSA) sur deux gènes de ménage. Le dessin des amorces pour les gènes gyrB et rpoD, ainsi que la réalisation de la mise au point des PCR a permis le séquençage des souches 102 de Xylophilusampelinus. Des arbres phylogénétiques ont été obtenus à partir des séquences partielles des deux gènes de ménage. Ceux-ci ont révélé les relations phylogénétiques qui existent entre les différentes souches de Xylophilusampelinuset leur quasi clonalité. La méthode MLSA utilisant deux gènes de ménage a permis l’identification des bactéries du genre Xylophilus au niveau de l’espèce et les données ainsi acquises peuvent être intégrées dans les bases de données du CRIM-CFBP et de R-Syst, la base de données utilisée pour le projet Lycovitis. |
| Résumé en anglais | The CIRM-CFBP (Angers) is a Biological Resource Centre, specialized in plant-associated bacteria. Its mission is to preserve strategic bacterial resources for plant protection. CIRM-CFBP is involved in the project Lycovitis in order to assist in the identification of all pathogens and pests of tomato and vine. This work is integrated in Lycovitis project and consists in the acquisition of molecular data for the genus Xylophilus. Xylophilusampelinus is the pathogen responsible for bacterial blight of grapevine. This bacterium is transmitted via the tools used in grapevine production and it can cause the plant’s death. This study required the identification of 102 strains of Xylophilus of the CIRM-CFBP collection. It was achieved via a technique derived from multilocus Sequence Analysis (MLSA) on two housekeeping genes. The design of primers for gyrB and rpoD genes and the adjustment of PCR allowed the sequencing of 102 strains of Xylophilusampelinus. Phylogenetic trees were obtained from the partial sequences of the two housekeeping genes. Phylogenetic relationships between the different strains of Xylophilusampelinus revealed that they were almost clonal. The MLSA method using two housekeeping genes allowed the identification of Xylophilus at the species level. The method is validated and data can be integrated into CRIM-CFBP databases and R-Syst, database which is the one used for the project Lycovitis. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 25 |
| Diplôme | Master Biologie Végétale |
| Date de soutenance | 2015-06-29 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Entreprise | IRHS |
| Tuteur | Veronesi Christophe |
| Libellé UFR | UFR de Sciences |