Identification des espèces du complexe Acinetobacter calcoaceticus - Acinetobacter baumannii par spectrométrie de masse MALDI-TOF
| Titre | Identification des espèces du complexe Acinetobacter calcoaceticus - Acinetobacter baumannii par spectrométrie de masse MALDI-TOF |
| Type | Thèse d'exercice : Médecine |
| Auteurs | Daure Sophie |
| Directeurs | Kempf Marie |
| Année | 2014 |
| URL | http://dune.univ-angers.fr/fichiers/20106923/2014MCEM2757/fichier/2757F.pdf |
| Mots-clés | Acinetobacter baumannii, Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complexe, MALDI-TOF identification, SARAMIS, VITEX MS |
| Résumé | Acinetobacter baumannii fait partie du complexe Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (Acb) qui regroupe deux autres espèces pathogènes pour l'homme, A. pittii et A. nosocomialis et une espèce environnementale A. calcoaceticus. Il est essentiel d’un point de vue clinique et épidémiologique de pouvoir différencier ces espèces correctement. La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF est devenue une technique de choix dans l'identification bactérienne. Au laboratoire de bactériologie du CHU d'Angers, le spectromètre de masse utilisé est le VITEKMS utilisable sur un mode "Research Use Only" permetant des modifications de la base de données SARAMIS. Le but de ce travail a été d'optimiser la base de données SARAMIS pour permettre une identification fiable et rapide des trois espèces du complexe Acb pathogènes pour l'homme. Pour cela, nous avons incrémenté 120 spectres de référence d'A. baumannii et d'A. pittii, et 96 spectres d' A. nosocomialis, après culture des souches sur différents milieux et à différents temps d'incubation et de température. Des super spectres ont été construits pour chaque espèce, à partir des spectres de référence, en prenant les 40 masses les plus représentées dans l’espèce. Ces super spectres ainsi que les spectres de référence ont ensuite été validés sur 100 souches cliniques du complexe Acb dont l'identification avait été confirmée par séquençage du gène rpoB. Les résultats ont montré une concordance entre la spectrométrie MALDI-TOF et le séquençage du gène rpoB pour 99% des souches. Notre base de données Acb est prometteuse et pourra être utilisée pour l'identification rapide des espèces du complexe Acb en remplacement de la biologie moléculaire. |
| Résumé en anglais | Acinetobacter baumannii belongs to the Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex containing 2 other human pathogenic species: A. pittii and A. nosocomialis. Identification of species of the Acb complex remains problematic despite the use of MALDITOF mass spectrometry. In this work, we enriched the SARAMISTM database of the VITEKÒMS plus (bioMérieux) to improve the identification of species of the Acb complex. For this, we incremented in the database 120 reference spectra of A. baumannii, and A. pittii as well as 96 reference spectra of A. nosocomialis. Then, for each species, we selected 40 specific masses from reference spectra to create SuperSpectra. In a second step, we validated reference spectra and SuperSpectra with 100 strains whose identification was confirmed by rpoB gene sequencing. A total of 99% of strains were correctly identified by the MALDITOF MS and among them, 73 were identified by a SuperSpectrum. Only 1 strain was not identified, it was an A. pittii. Our database is promising and may be used for the rapid identification of species of the Acb complex in alternative of molecular biology. |
| Langue de rédaction | Français et Anglais |
| Nb pages | 58 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en médecine |
| Date de soutenance | 2014-10-10 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR Médecine |
| Numéro national | 2014ANGE100M |