Diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules en fonction des différences dans les pratiques de gestion à long terme
| Titre | Diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules en fonction des différences dans les pratiques de gestion à long terme |
| Type | Rapport de stage |
| Auteurs | Dubois Philomène |
| Directeurs | Montiel Grégory, Simier Philippe, Veronesi Christophe |
| Année | 2024 |
| URL | https://dune.univ-angers.fr/fichiers/92005571/2024TMBV18338/fichier/18338F.pdf |
| Mots-clés | AMF, Amorces, Amplification par PCR, Séquençage Nanopore |
| Résumé | L'étude sur la diversité des champignons mycorhiziens arbusculaires (AMF) dans les environnements agricoles de Norvège a révélé des conclusions significatives pour l'agriculture durable. En utilisant des amorces spécifiques couvrant la petite et la grande sous unité de l’ARN ribosomal des AMF développées par l'Université d'Oslo, des racines d'orge ont été examinées. Initialement, aucune amplification n'a été observée après la première PCR et l'électrophorèse, suggérant une possible absence d'AMF dans les racines jeunes de 30 jours. Cependant, une amplification a été obtenue avec des amorces généralistes lors d'une seconde PCR, indiquant la présence probable de champignons fongiques, bien que l'identification spécifique en tant qu'AMF nécessite des vérifications supplémentaires. Pour explorer cette diversité, des cultures pièges de trèfle, reconnues pour leur mycotrophie élevée, seront utilisées. Les racines de ces cultures seront soumises à une amplification par PCR avec des amorces spécifiques, suivie de séquençage Nanopore et d'analyses bioinformatiques pour évaluer l'impact des pratiques agricoles sur la diversité des AMF. Ces recherches visent à générer des données essentielles pour orienter les pratiques agricoles vers une durabilité accrue et une résilience face aux changements environnementaux, en optimisant l'utilisation des ressources agricoles tout en favorisant une production alimentaire plus durable et adaptée aux défis futurs. |
| Résumé en anglais | A study of the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) in Norwegian agricultural environments has revealed significant findings for sustainable agriculture. Using specific primers covering the small and large subunits of AMF ribosomal RNA developed by the University of Oslo, barley roots were examined. Initially, no amplification was observed after the first PCR and electrophoresis, suggesting a possible absence of AMF in 30-day-old roots. However, amplification was obtained with generalist primers during a second PCR, indicating the likely presence of fungal fungi, although specific identification as AMF requires further verification. To explore this diversity, clover trap crops, known for their high mycotrophy, will be used. The roots of these crops will be subjected to PCR amplification with specific primers, followed by Nanopore sequencing and bioinformatics analyses to assess the impact of agricultural practices on AMF diversity. This research aims to generate essential data to guide agricultural practices towards greater sustainability and resilience in the face of environmental change, optimizing the use of agricultural resources while promoting more sustainable food production adapted to future challenges. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 20 |
| Diplôme | Master Biologie Végétale |
| Date de soutenance | 2024-07-04 |
| Editeur | Université d'Angers |
| Place Published | Angers |
| Entreprise | NIBIO |
| Tuteur | Grégory MONTIEL |
| Libellé UFR | UFR de Sciences |