Caractérisation d'une collection de levures : collection de levures issue du microbiote de semences de haricot, radis et colzaissue du microbiote de semences
| Titre | Caractérisation d'une collection de levures : collection de levures issue du microbiote de semences de haricot, radis et colzaissue du microbiote de semences |
| Type | Rapport de stage |
| Auteurs | Bosc Bierne Anaïs |
| Directeurs | Montrichard Françoise |
| Année | 2023 |
| URL | https://dune.univ-angers.fr/fichiers/19005662/2023TMBV16948/fichier/16948F.pdf |
| Mots-clés | assignation taxonomique, Basidiomycète, collection, levure, phylogénie, semence |
| Résumé | Dans un contexte de réchauffement climatique et de nécessité urgent de préserver la biodiversité et les ressources génétiques, ce rapport explore la fraction levure du microbiote de graines de haricot, radis et colza. Après isolation des levures à partir des semences, il a été réalisé une mise en conservation à -80°C afin d'enrichir la collection déjà existante au sein de l'équipe Fungisem à l'IRHS et dans le cadre du projet SUCSEED. Des procédures PCR ont été réalisées sur les régions partielles de l'ADN ribosomique SSU, ITS et LSU (D1/D2) afin d'arriver à une assignation taxonomique fine de chaque souche de levure isolée. Les amorces utilisées sont NS7-ITS4 pour une partie de la région SSU-ITS et LROR-LR5 pour une partie de la région LSU. Une caractérisation au microscope à transmission Axio a été menée sur tous les isolats ainsi que des descriptions approfondies des colonies de levures sur milieux YMA. Deux approches différentes ont été utilisées pour assigner taxonomiquement les souches de levures. La méthode de l’arbre phylogénétique avec le logiciel MEGA7 a permis de comparer les séquences des isolats à la base de données disponible concernant les Basidiomycetes (environ 500 levures) de la publication de Li et al. (2020). Le package DADA2 sur RStudio a permis de comparer les souches de levures de haricot, radis et colza à la base de données UNITE (environ 160 000 séquences). À la suite de ces analyses bio-informatiques, les genres Vishniacozyma pour le haricot et le radis et Cryptococcus pour le colza ont été identifiés comme les plus représentés. |
| Résumé en anglais | In a context of global warming and the urgent need to preserve biodiversity and genetic resources, this report explores the yeast fraction of the microbiota of bean, radish, and rapeseed seeds. After isolation of the yeasts from the seeds, storage was carried out at -80°C to enrich the collection already existing within the Fungisem team at the IRHS and within the framework of the SUCSEED project. PCR procedures were carried out on the partial regions of the SSU, ITS and LSU (D1/D2) ribosomal DNA to arrive at a fine taxonomic assignment of each yeast strain isolated. The primers used are NS7-ITS4 for part of the SSU-ITS region and LROR-LR5 for part of the LSU region. Axio transmission microscope characterization was conducted on all isolates as well as extensive descriptions of yeast colonies on YMA media. Two different approaches have been used to taxonomically assign yeast strains. The phylogenetic tree method with the MEGA7 software made it possible to compare the sequences of the isolates with the available database concerning the Basidiomycetes (about 500 yeasts) from the publication by Li et al. (2020). The DADA2 package on RStudio made it possible to compare bean, radish, and rapeseed yeast strains to the UNITE database (around 160,000 sequences). Following these bioinformatics analyses, the genera Vishniacozyma for beans and radish and Cryptococcus for rapeseed were identified as the most represented. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 15 |
| Diplôme | Master Biologie Végétale |
| Date de soutenance | 2023-07-06 |
| Editeur | Universite Angers |
| Place Published | Angers |
| Tuteur | Françoise Montrichard |
| Libellé UFR | UFR de Sciences |