Ce stage s’inscrit dans une problématique de caractérisation du microbiote de la semence. Il a pour objectif de comparer deux méthodes d’isolement (conventionnelle et « haut débit ») en termes de nombre d’isolats et de diversité taxonomique, en les mettant en perspective grâce aux données de métabarcoding du projet SUCSEED. Les graines de tomate (variété PLOV 24A) ont été déposées sur boîtes en conventionnelle et macérées puis déposées en plaque en « haut débit ». La méthode « haut débit » n’a pas donné les résultats attendus en termes de nombre d’isolats ne permettant pas une comparaison fiable des méthodes. En revanche, les taxons isolés sur l’ensemble des méthodes représentent presque 90% de l’abondance relative de l’ensemble des taxons identifiés en métabarcoding, ce qui conforte la fiabilité de ces méthodes. Il serait pour la suite judicieux de pousser le degré d’identification au niveau de l’espèce par l’étude de marqueurs moléculaires supplémentaires en fonction des taxons ciblés.
The aim of this internship is to characterize the microbiota of seeds. Its aim is to compare two isolation methods (conventional and "high-throughput") in terms of number of isolates and taxonomic diversity, putting them into perspective using metabarcoding data from the SUCSEED project. Tomato seeds (variety PLOV 24A) were placed on plates in the conventional method, and macerated and then placed on plates in the "high-throughput" method. The "high throughput" method did not give the expected results in terms of number of isolates, making a reliable comparison of the methods impossible. On the other hand, the taxa isolated using all the methods represent almost 90% of the relative abundance of all the taxa identified by metabarcoding, which confirms the reliability of these methods. In the future, it would be advisable to extend the degree of identification to the species level, by studying additional molecular markers according to the taxa targeted.