Les foraminifères d'Irlande : comparaison entre les diversités morphologique et génétique

Traditionnellement, l’étude des communautés de foraminifères intertidaux benthiques passe par des analyses morphologiques. Mais des récents progrès en géniques ont apporté une nouvelle façon d’aborder ce sujet. C’est l’analyse de l’ADN environnementale (ADNe). C’est pourquoi au cours de ce stage, en plus d’une étude morphologique, cette nouvelle méthode a été utilisée. Nous avons donc deux méthodes qui sont utilisées pour l’obtention des données. D’un côté, nous avons l’étude de la morphologie à partir de la méthode du piquage. C'est-à-dire, le comptage des foraminifères vivants coloré en Rose Bengale sur une fraction supérieure à 100 µm et de l’autre, une analyse de l’ADNe basée sur le méta barcoding. Cette méthode comprend un certain nombre d'étapes dont les plus notables sont l’extraction de l’ADN, l’amplification par PCR de l’ADN ou le séquençage à haut débit. L’ensemble des échantillons analysés à partir de ces deux méthodes provenait de 10 stations intertidales réparties sur le littoral nord de l’Irlande/Irlande du Nord. Pour les résultats obtenus par l’analyse morphologique, un premier constat indique que les variations entre les stations, que ce soit pour les densités, pour les indices ou pour les communautés, étaient importantes. De plus, la diversité des foraminifères s'est révélée être plus importante que prévu, notamment pour certaines stations. Dans le cas des résultats de l’ADNe, les résultats ont été conformes à ce que nous attendions. C’est une diversité génétique plus importante que la diversité morphologique et des résultats plus élevés pour certains groupes taxonomiques. Finalement, nos résultats dans l’ensemble sont en adéquation avec les quelques études qui sont plus ou moins traitées de la diversité des foraminifères en Irlande. Ils peuvent expliquer en partie, la diversité que l'on a retrouvée même si pour certaines stations, des recherches plus approfondies seront nécessaires.