Amélioration du diagnostic des maladies mitochondriales par analyse de la distribution des variants de l'ADNmt dans le sang et les urines
| Titre | Amélioration du diagnostic des maladies mitochondriales par analyse de la distribution des variants de l'ADNmt dans le sang et les urines |
| Type | Thèse d'exercice : Médecine |
| Auteurs | Denis Matthieu |
| Directeurs | Bris Céline |
| Année | 2021 |
| URL | https://dune.univ-angers.fr/fichiers/20082645/2021ODEBM14361/fichier/14361F.pdf |
| Mots-clés | ADN mitochondrial, maladie mitochondriale, mitochondrie, priorisation des VSI, variation d’hétéroplasmie |
| Résumé | Actuellement, plus de 250 variants pathogènes ont été identifiés sur l'ADNmt, avec un large spectre clinique, en raison notamment du phénomène d'hétéroplasmie. L'avènement du séquençage de nouvelle génération (NGS) a considérablement augmenté l'identification de nouveaux variants de signification inconnue (VSI), augmentant la complexité d'interprétation de l'ADNmt. L'objectif de notre étude était de comparer l'hétéroplasmie des variants de l'ADNmt dans le sang et l'urine afin d’améliorer les corrélations génotype-phénotype et prioriser les VSI. Les taux d'hétéroplasmie ont été quantifiés pour 179 variants chez 174 patients dans l’urine et le sang. Comme précédemment rapporté, la corrélation génotype-phénotype apparaît plus significative dans l'urine que dans le sang pour les patients porteurs du variant m.3243A>G. Des résultats similaires ont été obtenus pour les variants pathogènes, accréditant l'utilité de l'urine pour le diagnostic des maladies mitochondriales. Cependant, la correction du niveau d'hétéroplasmie, en considérant l'âge ou le sexe, n'améliore pas ces corrélations. Du fait de la distribution tissulaire différente des variants de l'ADNmt, l'analyse en composante principale a permis de discriminer les polymorphismes hétéroplasmiques des variants pathogènes hétéroplasmiques et de distinguer les patients asymptomatiques des patients symptomatiques, suggérant l'intérêt de cette comparaison pour la hiérarchisation des VSI. Cette approche a été appliquée à 10 VSI, dont 9 nouveaux variants, et a permis de classer 6 d'entre eux: cinq comme probablement pathogènes (m.5668G>A, m.7778T>C, m.8186G>A, m.10161A>C, m.15243G>A) et un comme polymorphisme (m.8809A>G). Pour 4 variants (m.5770C>G, m.8816A>C, m.8980C>T, m.13679C>T) cette approche n'a pas permis de conclure. Notre étude confirme la supériorité des cellules uroépithéliales pour le diagnostic mitochondrial, permettant de meilleures corrélations génotype-phénotype et facilitant la priorisation des nouveaux variants. |
| Résumé en anglais | Currently, over 250 pathogenic variants have been identified on mitochondrial genome (mtDNA) been identified, with a large clinical spectrum, notably due to the phenomenon of heteroplasmy. Moreover, next-generation sequencing has considerably increased the identification of novel variants of unknown significance (VUS), increasing the complexity of interpretation of mtDNA. The objective of our study was to compare the heteroplasmy of mtDNA variants in blood and urine for improving genotype-phenotype correlations and prioritizing VUS. Heteroplasmy loads were quantified for a total of 179 variants in 174 patients on both urine and blood samples. As previously reported, genotype-phenotype correlation appeared more robust in urine than in blood for patients carrying the m.3243A>G. Similar results were obtained for other pathogenic mtDNA variants, expanding the usefulness of urine for mitochondrial disease diagnosis. However, heteroplasmy correction, considering age or gender, did not improve those correlation. Due to the variability of the tissue distribution of heteroplasmic mtDNA variants, multivariate analysis allowed to cluster polymorphisms from pathogenic variants, and discriminating asymptomatic carriers from symptomatic patients, suggesting the interest of this comparison for the prioritization of VUS. This approach was applied to 10 VUS, including 9 novel variants, and allows classifying 6 of them: Five as likely pathogenic (m.5668G>A, m.7778T>C, m.8186G>A, m.10161A>C, m.15243G>A) and one as polymorphism (m.8809A>G). For 4 variants (m.5770C>G, m.8816A>C, m.8980C>T, m.13679C>T) this approach did not allow concluding. Our study confirms the usefulness of uroepithelial cells for mitochondrial diagnosis, allowing better genotype-phenotype correlations and facilitating the prioritization of novel variants. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 58 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en médecine |
| Date de soutenance | 2021-10-25 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR Médecine |
| Numéro national | 2021ANGE195M |