Evaluation du panel FilmArray BioFire® BCID2 sur les liquides péritonéaux
| Titre | Evaluation du panel FilmArray BioFire® BCID2 sur les liquides péritonéaux |
| Type | Thèse d'exercice : Médecine |
| Auteurs | Nicol Thomas |
| Directeurs | Kempf Marie |
| Année | 2021 |
| URL | https://dune.univ-angers.fr/fichiers/19012878/2021MCEM14285/fichier/14285F.pdf |
| Mots-clés | FilmArray BioFire® BCID2, panel syndromique, PCR multiplexe, péritonite, résistance aux antibiotiques |
| Résumé | La morbi-mortalité des IIA compliquées de péritonite est particulièrement importante chez les patients sévères pris en charge dans les services de réanimation. De plus, un retard à l’instauration d’une antibiothérapie efficace, du fait notamment de l’augmentation des résistances aux antibiotiques dans ce type d’infection, est responsable d’une surmortalité et d’un coût économique plus important. Le panel FilmArray BioFire® BCID2, normalement conçu pour une utilisation sur des flacons d’hémoculture positive, pourrait, de par les cibles de pathogènes et de marqueurs de résistance aux antibiotiques qu’il propose, permettre une adaptation du traitement anti-infectieux probabiliste plus précoce dans le cadre de ces IIA. Quarante liquides péritonéaux provenant de 35 patients hospitalisés pour péritonites au CHU d’Angers ont été analysés en comparant le panel FilmArray BioFire® BCID2 à la culture microbiologique standard. La concordance globale était de 97%, avec un coefficient Kappa de Cohen de 85,3% (IC 95% : 83,4%-87,2%). La sensibilité était de 78,1% (IC 95% : 71,5%-83,5%) et la spécificité de 99,7% (IC 95% : 99,2%-99,9%). Concernant les levures et les entérocoques, principaux pathogènes non couverts par l’antibiothérapie probabiliste, les sensibilités variaient de 85,7% à 100% et de 90 à 100% respectivement. Enfin, s’agissant des gènes de résistance, les 3 souches de profil BLSE ainsi que la souche possédant le gène NDM, retrouvées à la culture, ont été détectées avec le panel FilmArray BioFire® BCID2. Ce travail a montré que les performances globales du panel FilmArray BioFire® BCID2 sur les liquides péritonéaux étaient excellentes. Il serait à présent intéressant de continuer ce travail afin d’obtenir des résultats sur un effectif plus important, afin notamment d’étudier les performances sur des germes plus rares inclus dans ce panel et sur plus de gènes de résistances aux antibiotiques. |
| Résumé en anglais | The morbi-mortality of IAI complicated with peritonitis is particularly important in severe patients managed in intensive care units. In addition, a delay in the initiation of effective antibiotic therapy due to the increase in antibiotic resistance in this type of infection is responsible for a higher mortality rate and economic cost. The FilmArray BioFire® BCID2 panel, normally designed to be used on positive blood culture bottles, could, due to the pathogen and antibiotic resistance marker targets it offers, allow an earlier adaptation of probabilistic anti-infectious treatment in the context of these IAIs. Forty peritoneal fluids from 35 patients hospitalized for peritonitis at the University Hospital of Angers were analyzed by comparing the FilmArray BioFire® BCID2 panel to standard microbiological culture. The overall agreement was 97%, with a Cohen's Kappa coefficient of 85.3% (95% CI : 83.4%-87.2%). The sensitivity was 78.1% (95% CI : 71.5%-83.5%) and the specificity was 99.7% (95% CI : 99.2%-99.9%). For yeasts and enterococci, the main pathogens not covered by probabilistic antibiotic therapy, sensitivities ranged from 85.7% to 100% and from 90 to 100% respectively. Finally, with regard to resistance genes, the 3 ESBL strains as well as the strain with the NDM gene, found in culture, were detected with the FilmArray BioFire® BCID2 panel. Overall, this work has shown that the performance of the FilmArray BioFire® BCID2 panel on peritoneal fluids is excellent. It would therefore be interesting to continue this work in order to obtain results on a larger number of patients, in particular to study the performance on rarer pathogens included in this panel and on more antibiotic resistance genes. |
| Langue de rédaction | Français |
| Nb pages | 74 |
| Diplôme | Diplôme d'État de docteur en médecine |
| Date de soutenance | 2021-10-15 |
| Editeur | Université Angers |
| Place Published | Angers |
| Libellé UFR | UFR Médecine |
| Numéro national | 2021ANGE159M |