Etude épigénétique de l’effet potentialisateur de stimulateurs de défense (SDP) sur pommier par la méthodologie FAIRE ou Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements, de la serre au verger

TitreEtude épigénétique de l’effet potentialisateur de stimulateurs de défense (SDP) sur pommier par la méthodologie FAIRE ou Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements, de la serre au verger
TypeMémoire
AuteursRabenantoandro Fara
DirecteursBoureau Tristan
Année2013
URLhttp://dune.univ-angers.fr/fichiers/20123785/20133MABTV1327/fichier/1327F.pdf
Mots-clésEpigénétique, Potentialisation, SDP, tavelure
Date de soutenance2013-09-13
Résumé

En agriculture, la lutte contre les bioagresseurs utilise des pesticides à fort impact environnemental. Les stimulateurs de défense des plantes (SDP), produits non biocides synthétiques ou naturels d’origine diverse, pourraient réduire leur usage. Certains induisent des défenses immédiatement après application. D’autres préparent la plante à mettre en place plus rapidement et plus intensément ses défenses lors d’attaques ultérieures. Ce phénomène appelé « potentialisation » est caractérisé dans la littérature par des modifications d’histones libérant la chromatine au niveau des promoteurs des gènes de défense. La méthodologie FAIRE permet
d’extraire cette chromatine libre afin de l’étudier de manière globale par séquençage ou plus ciblée par PCR. L’étude vise ici à vérifier si cette modification épigénétique est observée dans les feuilles de pommier potentialisées par le SDP X, connu pour son effet potentialisateur. Le travail a consisté à déterminer les conditions du FAIRE efficaces sur cette espèce (concentration de formaldéhyde et conditions de sonication), et à préparer des échantillons potentialisés. L’analyse FAIRE-PCR de quelques gènes de défense sur ces échantillons n’a pas pu confirmer que la potentialisation provoque la libération de la chromatine pour faciliter leur expression face
à un stress effectif. Au mieux, l’enrichissement en chromatine libre est détecté au niveau de deux régions du promoteur du gène de défense EDS1, mais seulement après l’application du stress. Par ailleurs, le travail a démontré un effet protecteur du SDP X contre la tavelure en verger.
Résumé en anglais

Disease control in agricultural practice involves the use of pesticides whose environmental impact is substantial. Plant Defence Inducers (PDI) with no biocidal action and from synthetic or diverse natural origins, could reduce the use of conventional pesticides. Some of these products induce defenses immediately after application. Others prepare defence genes for faster and more robust activation after subsequent attack. This phenomenon called "priming" is characterized in the literature by histone protein modifications on defence genes promoters, that produce open chromatin. The FAIRE is a methodology to extract this open chromatin in order to analyze it in general sequencing, or more targeted PCR. The study aims to verify whether this epigenetic modification is found in apple leaves primed by the SDP X, which has already demonstrated its priming effect in the laboratory. The work has determined the conditions of effective FAIRE on this plant species (formaldehyde concentration and conditions of sonication). It has also enabled the preparation and the selection of necessary primed samples. However, the FAIRE-PCR analysis of targeted defense genes on these samples has not confirmed that the priming causes the release of chromatin to facilitate their expression facing a stress. At the best, open chromatin enrichment was detected at two regions of EDS1 defence gene promoter, but only after the stress application. Besides, the work has demonstrated a protective effect of SDP X against scab in the orchard.
Langue de rédactionFrançais
Nb pages27
Diplôme

Master Biologie Végétale
EditeurUniversité Angers
Place PublishedAngers
Libellé UFR

UFR de Sciences